وقتی در سال 1341، امینی بر کنار شد و به جای او اسدالله علم بر سر کار آمد، یک نوع نگرانی در حوزه به وجود آمد. در میان طلبه‌ها هم این مسئله مورد بحث و تحلیل و تفسیر قرار می‌گرفت. آنها می‌گفتند: شاه عَلَم را روی کار آورده است تا برنامه‌ها و طرح‌های مورد نظر خود را به اجرا درآورد.
مسئله دیگری که اذهان عمومی و به‌ویژه حوزه‌ی قم را به سوی خود جلب کرده بود، مسئله مرجعیت پس از فوت آیت‌الله بروجردی بود. شاه در کتاب «انقلاب سفید» به این موضوع اشاره کرده و نوشته بود: برنامه‌هایی که قبل از سال 1340 در نظر داشتم اجرا کنم، به دلیل ممانعت یک مقام قدرتمندِ غیرمسئول به اجرا درنیامد. مقصود او از مقام غیرمسئول، مرحوم آیت‌الله بروجردی بود. بنابراین شاه تصریح کرده بود که مانع برنامه‌های او، قدرت بزرگی به نام مرجعیت بوده است. به همین دلیل، همه نگران این مسئله بودند که چون آیت‌الله بروجردی رحلت نموده و قدرت مرجعیت بین چند نفر از مراجع تقسیم شده است، زمینه برای اجرای تصمیمات چند ساله‌ی رژیم در جهت تغییر برخی از قوانین و مقررات اسلامی فراهم شده باشد.
از طرف دیگر چون طلبه‌ها با نظر نسبتاً مثبتی به امینی نگاه می‌کردند، با برکناری وی، این استنباط به وجود آمد که شاه در نظر دارد برنامه‌هایی را علیه احکام اسلام به اجرا درآورد. این نگرانی در اواخر سال تحصیلی 1340ـ1341 در حوزه، روز به روز بیشتر می‌شد. وقتی بعد از تعطیلات تابستانی سال 1341 به قم برگشتیم و درس‌های حوزه در نیمه‌ی دوم شهریور آن سال شروع شد، این نگرانی‌ها به اوج خود رسیده بود. طولی هم نکشید که ماجرای انجمن‌های ایالتی و ولایتی آغاز شد. در مهر ماه همان سال که این تصویب‌نامه اعلام شد، بی‌درنگ با اعلامیه‌ی مراجع و مخالفت آنها روبه‌رو گردید.
نکته‌ی بسیار مهمی که باید به آن اشاره کنم، این است که اساساً در میان علما و مراجع رسم نبود پیامی را که برای یکی از مقامات دولتی، شاه یا نخست‌وزیر می‌فرستادند، چاپ و منتشر کنند. در زمان آیت‌الله بروجردی که گاهی شاه به قم می‌آمد و در حرم حضرت معصومه(س) با آیت‌الله بروجردی ملاقات می‌کرد و مطالبی بین آنها رد و بدل می‌شد، چیزی از آن مطالب در رسانه‌های عمومی و در میان مردم انعکاس نمی‌یافت. همچنین اگر آیت‌الله بروجردی کاری داشت یا مطلب خاصی مورد نظرش بود و یا از موضوعی نگرانی داشت، آن را به صورت یک پیام خصوصی توسط پیکی برای شاه می‌فرستاد که معمولاً آن پیام توسط آقای فلسفی یا یکی دیگر از علما ارسال می‌شد. به این ترتیب پیام مبادله می‌شد، ولی محتوای آن هیچ‌گاه منتشر نمی‌شد.
البته گاهی بخشی از پیام‌ها به صورت محدود و سینه به سینه نقل می‌شد. برای مثال در همان آغاز طلبگی می‌شنیدیم که در زمان مرحوم آیت‌الله بروجردی، شاه چند بار تصمیم گرفته بود که قانون مدنی به‌ویژه در زمینه حقوِق زنان و قانون ارث را تغییر دهد، ولی مرحوم آیت‌الله بروجردی به شاه پیغام داده بود که این کار به صلاح کشور نیست و نباید اقدامی در این خصوص صورت گیرد. شاه در جواب ایشان پیغام فرستاده بود که الان در بسیاری از کشورها این مقررات در حال اجراست و ما نباید از قافله‌ی تمدن عقب بمانیم. آیت‌الله بروجردی پاسخ داده بود که بسیاری از کشورها هم سلطنت را کنار گذاشته‌اند و نظام جمهوری را پذیرفته‌اند.
در مورد اصلاحات ارضی هم نقل می‌شد که شاه فردی را خدمت آیت‌الله بروجردی فرستاده بود تا وی لزوم اصلاحات ارضی را خدمت ایشان مطرح کند. فرد مذکور در ضمن سخنان خود می‌گوید کشورهای دیگری هم مانند ترکیه این برنامه را اجرا کرده‌اند. آیت‌الله بروجردی می‌گوید ظاهراً ترکیه قبل از برنامه‌ی اصلاحات ارضی، اول نظام جمهوری را مستقر کرده، بعد به دنبال برنامه‌ی اصلاحات ارضی رفته است. فرد پیام‌آور سکوت می‌کند و در واقع، پاسخ خود را می‌گیرد. البته این مطالب در میان طلبه‌ها و فضلای حوزه، دهان به دهان می‌گشت و مطرح می‌شد. برخی از این مسائل را فضلا و مدرّسین نزدیک به آیت‌الله بروجردی برای ما نقل می‌کردند.
مورد دیگری نیز مطرح بود و آن اینکه در زمینه‌ی تغییر قانون مدنی و یا موضوع دیگری که شاه می‌خواسته آن را عملی کند، آیت‌الله بروجردی مانع شده و پیغام داده بود که این کار نباید انجام شود، اما شاه اصرار بر انجام آن داشته که مرحوم آیت‌الله بروجردی هم در واکنش به خواسته‌ی شاه گفته بود اگر به نصایح من گوش نکنید، من به نجف هجرت می‌کنم. این مسئله خیلی سروصدا به پا کرده بود. حتی در مورد یکی دیگر از مسائل مهم، آیت‌الله بروجردی مصمم به هجرت شده بود و شاه می‌دانست که اگر چنین اتفاقی بیفتد، اوضاع ایران به هم می‌ریزد و حتی با اعتراض وسیع افکار عمومی جهان تشیع در خارج از ایران مواجه می‌شود. بنابراین اگر پیامی بین مراجع و علما با شاه رد و بدل می‌شد، معمولاً به صورت خصوصی و عمدتاً شفاهی بود. اگر هم مواردی به صورت کتبی ارسال می‌شد، باز به صورت محرمانه بود و منتشر نمی‌شد.
کتاب خاطرات حجة الاسلام دکتر حسن روحانی، انتشارات مرکز اسناد انقلاب اسلامی
» پیوندهای روزانه 
