در پی تظاهرات طلاب علوم دینیه در 15 خرداد ماه 1354 در مدرسه فیضیه قم که به پاسداشت قیام 15 خرداد 1342 انجام یافته بود ساواک در روز 17 خرداد با اعزام گارد شاهنشاهی و یورش مسلحانه به مدرسه فیضیه به سرکوب شدید طلاب پرداخته جمع کثیری را شدیداً زخمی و تمامی طلاب حاضر در مدرسه را که حدود 400 نفر می‌شد پس از ضرب و شتم شدید به زندان اوین منتقل و مدرسه فیضیه را نیز تعطیل نمود. از سوی دیگر درصدد شناسایی عاملین و محرکین برآمد در این راستا استاد مطهری را نیز مورد مراقبت بیشتر قرار داده و او را نیز جزء محرکین این واقعه قلمداد می‌نماید .
در همین زمان ، اداره کل امنیت داخلی ساواک با تنظیم یک بولتن سه برگی خطاب به نصیری ، ضمن ارائه شرح مختصری از فعالیتهای استاد در پایان چنین اعلام نظر می‌کند :
« با عرض مراتب بالا و اینکه اولاً دستگیری روحانی یاد شده موجبات بزرگ شدن وی و بالا رفتن وجهه او در بین عناصر متعصب مذهبی و دانشجویان افراطی خواهد شد. ثانیاً قرار گرفتن این شخص در رأس گروه فلسفة دانشکده الهیات، اصولاً وجود وی در دانشگاه، با توجه به مقاصد سوء این شخص، به هیچ‌وجه به مصلحت نمی‌باشد. ثالثاً ادامه سخنرانیهای مشارالیه در محافل مذهبی صحیح نیست، علیهذا مستدعی است در صورت تصویب :
اولاً : به اداره کل چهارم اعلام شود که ادامه خدمت نامبرده در دانشگاه تهران به مصلحت نیست. ثانیاً : با همکاری شهربانی کشور از ادامه سخنرانیهای وی مخالفت به عمل آید و مراقبت از او کماکان ادامه یابد. موکول به رأی عالی است.»
این پیشنهاد در تاریخ 20/3/54 به رؤیت نعمت‌الله نصیری رئیس وقت ساواک می‌رسد و او در ذیل نامه می‌نویسد :
«موافقت می‌شود حضوراً در مورد این قبیل افراد مذاکره نمایید.»
سپس پرویز ثابتی مقام عالی امنیت به حضور رئیس ساواک شتافته و او را متقاعد به انجام تصمیمات فوق می‌نماید و در تاریخ 22/3/54 یعنی دو روز بعد ذیل نامه دستور زیر را صادر می‌کند :
«مذاکره شد طبق نظریه اقدام شود ثابتی 22/3/54»
از این تاریخ استاد مطهری ممنوع‌المنبر شده و جهت پایان خدمت او در دانشگاه نیز اقداماتی به عمل آورده می‌شود.
استاد مطهری که از قبل پیش‌بینی اتخاذ چنین ترفندی را از سوی ساواک کرده بود از فرصت استفاده کرده و جهت سفر به کشورهای اسلامی به عنوان فرصت مطالعاتی درخواست مرخصی و گذرنامه می‌نماید که در تاریخ 18/10/54 ثابتی ضمن نامه‌ای چنین می‌نویسد :
«صدور گذرنامه جهت نامبرده بالا به مقصد کشورهای عربی از نظر این اداره کل به مصلحت نمی‌باشد. ثابتی »
در خردادماه 1355 ( محرم و صفر ) نیز ساواک به شهربانی و ژاندارمری طی نامه‌ای ممنوع‌المنبر بودن استاد را اعلام و درخواست جلوگیری و مراقبت از منبر وی را نمود.
دوره مشخصی از فعالیتهای او در زمینه ایدئولوژیک نیز وجهه خاصی دارد و آن بعد از ظهور گرایشهای مارکسیستی در سازمان مجاهدین خلق و انتشار آن بیانیه کذایی است که گروهی رسماً مارکسیست شدند. البته در بقیه هم گرایشهای التقاطی وجود داشت. بلافاصله شهید مطهری به شدت شروع به فعالیت کرد و کتابها و جزوات دو سال آخر حیاتش را تدوین کرد... کتابهایی درباره توحید، نبوت، قیام حضرت مهدی، فلسفه تاریخ، اقتصاد و... او به تمام شبهاتی که آن جزوات و آن گرایشها به وجود آوردند تک تک پاسخ داد...
همچنین در جریان انقلاب اسلامی تشکیلات روحانیت مبارز در هشت منطقه تهران فعالیت می‌کرد و هر منطقه زیر نظر دو نفر از روحانیون آگاه و متعهد اداره می‌شد. کل این تشکیلات دارای دو ـ سه نفر مشاور عالی بود که مخصوص منطقه خاصی نبودند و خط اصلی کارها را تعیین می‌کردند و به مناطق می‌دادند.
شهید مطهری و شهید بهشتی جزو این مشاوران عالی بودند. بسیاری از اعلامیه‌ها به قلم استاد مطهری بود. پیش‌نویس اساسنامه روحانیت مبارز را ایشان تنظیم کردند که بعد از شهادت ایشان در مجمع عمومی که به همت شهید بهشتی در کرج برگزار شد. تصویب گردید.
در صفحات 34 و 35 کتاب سیمای استاد مطهری می خوانیم :
« جلسه‌ای بود قبل از سال 56 که یکی از دوستان به خاطر برنامه‌ریزی برای مبارزات تشکیل داده بود... آقای بهشتی و جمعی از بزرگان هم بودند. هنوز با آقای مطهری صحبت نشده بود. خبر جلسه را در نجف دادند که «... جمعی را برای پی‌ریزی بعضی مسایل تشکیل داده‌ایم» امام پیغام داده بودند که آقای مطهری باید در آن جمع باشند. آقای مطهری در پیروزی این انقلاب بلکه بوجود آوردن این انقلاب هم نقش بسیار مؤثر داشتند اما در مورد حراست از مرزهای ایدئولوژیک و حفظ نه شرقی و نه غربی و به خصوص التقاط زدایی از اندیشه اسلامی آقای مطهری یک فرد بی‌نظیری بود. ایشان در جامعه روحانیت مبارز شرکت داشتند و خودشان جزو مؤسسین این جامعه بودند. چرا که آن وقت در تهران مهمترین و عمده‌ترین کارها را در رابطه با اجتماعات و تظاهرات مردم، راهپیماییها و جلسات بزرگ سخنرانیها، جامعه روحانیت مبارز می‌کرد. مرحوم مطهری نیز در این جلسات شرکت داشتند و فعالیت مؤثر و بسزایی ایفا می‌کردند. نقش مرحوم مطهری به نظر من نقش درجه یک بود. من شهادت می‌دهم که این شهید بزرگوار در آن دوره غیبت امام وقتی که امام در زندان بودند یا در قیطریه تحت نظر که تحت نظر بودنشان هم یک زندان محترم‌تری بود، یا وقتی در ترکیه تبعید بودند و یا وقتی که به عراق تبعید شدند، در تمام این دوره‌ها مرحوم مطهری کارگشا و راه‌گشای بسیاری از مشکلات مبارزه بود و حضور ایشان این اهمیت را داشت. »
سابقه 35 ساله او با رهبری نهضت و اعتماد کامل امام به او وی را به صورت یکی از اصحاب سِر و رازدار انقلاب و امام تبدیل کرده بود و این ارتباط حتی پس از تبعید امام به وسیله پیک و نامه نیز برقرار بود تا اینکه در سال 1355 استاد مطهری به عتبات مشرف شد و به‌دیدار استاد خویش شتافت. در این دیدار امام فرمودند :
«مسائل روز را بررسی کنید و جواب بدهید. مسائلی از مکاتب چپی یا مکاتب دیگر را که انحرافی است جواب بدهید.»
پیش از آن نیز امام به او توصیه کرده بود که رابطه خود را با حوزه علمیه قم بیشتر کند و لذا او از سال 1351 تا 1357 هفته‌ای سه روز به قم می‌رفتند و در حوزه علمیة قم، دروس مهمی مانند شناخت اصل غائیت، فلسفه هگل، معارف قرآن، مارکس و مارکسیسم، منظومه، نجات و اسفار را تدریس می‌کرد.
به دنبال هجرت تاریخی امام به پاریس، مطهری نیز شتابان بدان دیار شتافت. «ایامی که آن شهید می‌خواست برای دیدن استادش به فرانسه برود، یادم نمی‌رود. استادی که سالهای سال به انتظار تشریف فرمایی او نشسته بود. آن روزهای آخر، گویا هیچ کاری نداشت. اگر از او سؤال می‌کردی می‌گفت که آمادگی پاسخگویی ندارد. اصلاً مثل عاشقی بود که وعده وصلش نزدیک شده باشد.
خود استاد مطهری در بازگشت از سفر پاریس طی سخنانی در وصف امام می‌گوید :
«من که قریب دوازده سال در خدمت این مرد بزرگ تحصیل کرده‌ام، باز وقتی که در سفر اخیر به پاریس به ملاقات و زیارت ایشان رفتم، چیزهایی از روحیة او درک کردم که نه فقط بر حیرت من، بلکه بر ایمانم نیز اضافه کرد. وقتی برگشتم، دوستانم گفتند : «چه دیدی؟» گفتم چهار تا «آمَن‌َ» دیدم. آمن بهدفه ـ به هدفش ایمان دارد. دنیا اگر جمع بشود، نمی‌تواند او را از هدفش منصرف کند. آمن بسبیله ـ به راهی که انتخاب کرده، ایمان دارد. امکان ندارد بتوان او را از این راه منصرف کرد. شبیه همان ایمانی که پیغمبر به هدفش و به راهش داشت. آمن بقوله ـ در میان همة رفقا و دوستانی که سراغ دارم، احدی مثل ایشان به روحیة مردم ایمان ندارد. به ایشان نصیحت می‌کنند که : «آقا! کمی یواشتر. مردم دارند سرد می‌شوند، مردم دارند از پای در می‌آیند.» می‌گوید : «نه. مردم اینجور نیستند که شما می‌گویید. من مردم را بهتر می‌شناسم.» و ما می‌بینیم که روز به روز صحت سخن ایشان بهتر آشکار می‌شود. و بالاخره، بالاتر از همه;آمن بربّه ـ در یک جلسة خصوصی، ایشان به من می‌گفت : «فلانی! این ما نیستیم که چنین می‌کنیم. من دست خدا را به وضوح حس می‌کنم.»
آدمی که دست خدا و عنایت خدا را حس می‌کند و در راه خدا به وضوح قدم برمی‌دارد، خدا هم مصداق «اِن تَنصُرُوااللهَ یَنصُرکُم» بر نصرت او اضافه می‌کند .
بی‌شک از جان گذشتگی و مبارزة خستگی‌ناپذیر با ظلم و ظالم و دفاع سرسختانه از مظلوم و صداقت و صراحت و شجاعت و سازش ناپذیری این رهبر، در انتخاب او به مقام رهبری نقش داشته. اما مطلب اساسی چیز دیگری است و آن این که ندای امام خمینی از قلب فرهنگ و از اعماق تاریخ و از ژرفای روح این ملت برمی‌خاست. مردمی که در طول چهارده قرن، حماسة محمد، علی، زهرا، حسنین، سلمان، ابوذر و... صدها هزار زن و مرد دیگر را شنیده بودند و این حماسه‌ها با روحشان عجین شده بود، بار دیگر همان ندای آشنا را از حلقوم این مرد شنیدند. علی را و حسین را در چهرة او دیدند. او را آیینة تمام نمای فرهنگ خود که تحقیر شده بود، تشخیص دادند. امام چه کرد؟ او به مردم ما شخصیت داد. خود واقعی و هویت اسلامی آنها را به آنان بازگرداند. آنها را از حالت «خودباختگی» و... خارج کرد. این بزرگترین هدیه‌ای بود که رهبر به ملت داد. او توانست ایمان از دست رفته مردم را به آنها بازگرداند و آنها را به خودشان مؤمن کند. .
تشکیل شورای انقلاب و عضوگیری برای آن نیز از جمله فعالیتهای او در جهت پیشبرد اهداف انقلاب بود نقش مؤثر او در این شورا از بسیاری از اتفاقات ناگوار و سوءاستفاده عوامل مخالف نهضت جلوگیری کرد. رهبر معظم انقلاب اسلامی حضرت آیت الله خامنه ای در این خصوص می فرمایند :
«آن وقتی که (شاپور) بختیار پیشنهاد کرده بود برود خدمت امام برسد یک شرحی (اعلامیه‌ای) را داده بود به یکی از آقایان وابسته به جبهه ملی که بیاورد شورای انقلاب که بختیار مایل است اگر شما موافقید و اگر امام هم قبول می‌کند این اعلامیه را صادر کند ! این اعلامیه می‌توانست وجهه‌ای برای بختیار درست کرده و کار را عقب بیندازد. لکن در آن جمع ما، دو نفر قاطعاً مخالفت کردند !یکی مرحوم شهید مطهری بود و دیگری مرحوم شهید بهشتی. این دو نفر هر کدام یک نکته‌ای را به عنوان ایراد، در این اعلامیه ذکر کردند که اگر آن نکته اصلاح می‌شد نظر بختیار برآورده نمی‌شد. لذا بود که وقتی این دو نفر اصلاحات خود را ذکر کردند و آن اعلامیه برگشت، بختیار مایل نشد که آن را پخش کند چرا که برایش فایده‌ای نداشت.»
تحصن در دانشگاه تهران یکی از مهمترین عوامل تسهیل در ورود به موقع رهبر انقلاب به وطن و خنثی شدن توطئه‌ها گردید و نقش استاد مطهری در این تحصن تأسیسی بود. آیت‌الله سید حسن طاهری خرم‌آبادی چنین می گویند :
«آقای مطهری در تحصن دانشگاه نیز نقش اساسی داشتند. یادم می‌آید شبی که در مدرسه رفاه جمع شده بودیم که چه باید بکنیم و چه نباید بکنیم. پیشنهاد یک تحصن مطرح شد. دکتر بهشتی و آقای مطهری، آقای خامنه‌ای و خیلی‌های دیگر بودند. بعضی از دوستان اعتقاد داشتند تحصن در مسجد امام فعلی (مسجد شاه سابق) کنار بازار باشد. اما آقای مطهری گفتند که تحصن در دانشگاه باشد و بالاخره هم همان شد. آقای مطهری از در جلو مسجد دانشگاه وارد شدند و گفتند : ما آمده‌ایم تحصن کنیم تا امام بیایند و تا وقتی که امام نیایند، ما نمی‌رویم.»
شهید مطهری ، ریاست کمیته استقبال از رهبر انقلاب را شخصاً عهده‌دار شد و با کمک مردم و نیروهای مخلص به احسن وجه مراتب استقبال از امام خمینی را به عمل آورد و سپس چونان مشاوری دلسوز پروانه‌وار گرد شمع وجود استاد خویش می‌چرخید.
پس از انقلاب و با ترور ناجوانمردانه سپهبد شهید ولی‌الله قره‌نی ، حجة‌الاسلام والمسلمین سید مصطفی محقق داماد به از قول شهید مطهری چنین می گوید :
«به نظرم می‌رسد شخصیت مذهبی و روحانی که در برنامه گروه فرقان است، من باشم. یقین دارم، آنهایی که از استقلال فرهنگ اسلامی می‌ترسند و هراس دارند که این فرهنگ غنی اسلام گسترده شود، با کسی که بسیار دشمنی دارند و بغض او را در این زمینه دارند منم. من آرزو دارم که اگر می‌میرم، مرگی در راه عقیده‌ام داشته باشم، اگر مرا بکشند، یقین دارم که در راه اعتقادم و در راه آنچه سالها برایش قلم زده‌ام و فریاد کشیده‌ام کشته می‌شوم.»
آیت‌الله سید عبدالکریم موسوی اردبیلی نیز از روزهای آخر عمر استاد مطهری ، چنین می گویند :
« نیمه‌های شب دهم اردیبهشت مطهری پیش از موعد قیام همیشگی‌اش برای تهجد بامدادی از خواب برمی‌خیزد و پای بر زمین می‌کوبد به گونه‌ای که همسرش بیدار می‌شود و او را در حالتی خاص می‌یابد. از او می‌پرسد این چه حالت است؟ می‌گوید: من الان خواب عجیبی دیدم، دیدم که من و امام دو تایی در مسجدالحرام هستیم و در بیت شریف باز شد. پیغمبر از آنجا آمد پایین و آمد طرف من و مرا بوسید من خدمت امام بودم، قدری دستپاچه شدم و گفتم: «یا رسول‌الله ایشان فرزند شما هستند، پسر شما هستند.» حضرت فرمودند : «بله» و رفتند طرف امام و امام را نوازش کردند و امام را بوسیدند و مجدداً برگشتند به طرف من و لبهایشان را بر روی لبهای من گذاشتند و الآن من گرمی لبهای پیامبر را روی لبهایم احساس می‌کنم. به او گفتم : این خواب را چگونه تعبیر می‌کنی؟ گفت : تغییر بزرگی در زندگی من بوجود می‌آید. »
و سرانجام ساعت 30/22 سه‌شنبه یازدهم اردیبهشت ماه سال 1358، هنگام بازگشت از جلسه شورای انقلاب آن گاه که صدایی جز صدای بالهای ملائکی که برای پرواز روح پاک مطهری به زمین هبوط کرده بودند شنیده نمی‌شد، او از پشت سر هدف گلوله قرار گرفت. گلوله‌ای آتشین از زیر لاله گوش راست داخل و از بالای ابروی چپ خارج شد. گواهان بسیاری مراتب تهجد و نیایش‌های شبانه او را از سالهای نوجوانی به شهادت نشسته‌اند و آخرین گواه او ساعت کوکی اطاق استراحت او بود که رأس ساعت 2 بامداد روز دوازدهم اردیبهشت زنگ بیدارباش همیشگی‌اش را نواخت و پیوسته نواخت غافل از اینکه این بار مطهری پیش از سرعت زمان عروج عارفانه خود را آغاز کرده بود.
و فردای آن روز پیکر مطهر او بر روی دستهای مردم از تهران تا قم تشییع شد و در جوار بارگاه ملکوتی کریمه اهل بیت حضرت معصومه (ع) به خاک سپرده شد.
» پیوندهای روزانه 
